分子量不同，胶原蛋白肽是胶原蛋白酶解后的所得的分子量在2000道尔顿左右的蛋白肽，而胶原三肽则是通过另一种酶解工艺后经膜过滤筛选250~500道尔顿分子量的蛋白肽，含有大量甘氨酸、脯氨酸、羟基氨酸。
饮用方式不同：胶原三肽是用温水冲泡饮用，胶原蛋白肽是可以直接饮用，无需冲泡。
每袋的容量不同，胶原三肽固体饮料一盒有30袋，每袋2g，胶原蛋白肽一盒有18袋，每袋30mg。
配方和工艺区别：胶原三肽是通过定向切断三肽段，得到高浓度的胶原三肽，促进吸收率。胶原蛋白肽主要成分包括鱼鼻软骨复合粉、酵母抽提物、雨生红球藻等配方，提升胶原蛋白的作用。